由于感染、持续炎症状态、供氧和组织灌注不足是发生多脏器功能衰竭的最常见和最重要的危机因素，应先予以控制和针对处理。如纠正休克、及时处理原发病和外伤、清除坏死组织、引流脓肿、控制腹腔污染等等，都是很重要的措施。妥善处理大伤口的临界生机组织以及隐藏的肠道伤口，以阻断持续的炎症反应，从而减少白细胞系统的激活。不要滥用广谱抗生素，要注意保持肠腔内正常的细菌菌丛生态学。加强胃的正常杀菌作用，减少细菌及其毒素进入全身，提供充分的能量和合成底物，支持共生的厌氧菌。保持排便通畅，以减少结肠内细菌及其毒素。