大部分人服用益生菌时不会有什么副反应，当然不排除特异体质可能会出现腹泻症状。对于肠道菌群已经失调的人在服用益生菌过程中，特别是刚开始补充时，会出现症状加重的现象，比如腹痛、胀气以及腹泻加重等，比如赫氏消亡反应多发生于肠道菌群失调患者，大多数人几天至两周就会消失，个别严重者会持续到四周，然后转向身体康复阶段，不需要用药干涉。