正畸主要依靠在口腔内部或外部戴用矫治器，对牙齿、牙槽骨及颌骨施加适当的生物力，使其产生生理性的移动，从而矫治牙齿。所以刚开始会有疼痛不适感，并感觉牙齿越来越松，在牙齿矫正时，牙槽骨会发生吸收，重建，这样才能将牙齿移动到正常的位置上，但少数可能伴有牙槽骨、牙根的吸收，导致一些牙周与牙髓问题。另外矫治初期，黏膜在与正畸托槽接触后有时会发生溃疡，但一般在经过一段时间的适应之后都能够自行缓解。如果在正畸过程中清洁不彻底，还易诱发龋病，及牙龈炎、牙周炎的出现。