复方短效口服避孕药的副作用，常见的是恶心、呕吐、乳房胀痛、不规则阴道流血，表现为点滴状的阴道流血，特别是在漏服的情况下会出现。另外，可能会引起水钠潴留、体重上升。其次，对于40岁以上的女性以及有血栓高发风险的女性，服用复方口服避孕药可能会导致血栓形成的风险。目前随着复方口服避孕药的不断更新，副作用越来越小。第3代的复方口服避孕药，具有对抗卵巢癌以及子宫内膜癌的作用，可以有效的减少内膜癌、卵巢癌的发生。第4代复方口服避孕药中的孕激素使用的是屈螺酮，它不具有引起水钠潴留、引起体重增加的风险，除了具有第3代避孕药的优点外，也不增加子代的畸形发生率。对于服用避孕药后或者说服用避孕药期间受孕的女性，甚至可以不需要终止妊娠，停药后可以马上怀孕。