脑部核磁共振对中枢神经系统疾病的诊断，具有重要的应用价值。用于诊断脑血管疾病，如脑梗死、脑出血，尤其是诊断后颅窝的病变（如脑干、小脑病变）。核磁共振的弥散成像能将新发的脑梗病灶与陈旧的脑梗病灶进行区分开来。磁共振血管成像利用动脉血流空效应，在不注射造影剂的情况下，可清晰的显脑主干的血管狭窄情况。