胃肠胶囊镜可以选择观察胃、小肠、大肠等不同部位，主要根据消化道的蠕动情况而定，小肠蠕动约4-6小时，大肠由于排泄较慢，通常蠕动约20小时。吞服胶囊摄像头后，胶囊摄像头会随着食道、胃、肠道缓慢蠕动，胶囊摄像头走过全部消化道并连续拍片后可结束检查。由于胃肠蠕动时间不固定，所以胃肠胶囊镜检查时间因人而异。