干扰素治疗的不良反应包括，流感样综合症，表现为寒颤，发热，头痛，肌肉疼痛，乏力等，一过性的骨髓抑制，外周血细胞和血小板减少，精神异常，可以表现为抑郁，妄想症、重度焦虑以及精神病，可诱导自身抗体和自身免疫性疾病的产生，其他，比如肾损害，心律失常，缺血性心脏病和心肌病，视网膜病变，听力下降，还有间质性肺炎等。