卵巢囊肿当然会肚子疼了。卵巢囊肿分为生理性的黄素囊肿和一些病理性的囊肿，比如卵巢的巧克力囊肿等。卵巢生理性黄素囊肿有时候可能会发生黄体破裂，造成急腹症。如果腹腔出血较多，疼痛比较严重，需要及时住院行手术治疗。卵巢巧克力囊肿也会发生痛经以及肚子的疼痛等，如果巧克力囊肿破裂，也会发生腹痛严重甚至囊液种植，造成子宫以及盆壁的内膜异位灶，造成痛经的加重。