耐多药结核病住院治疗两个月，原因是耐多药结核病传染性大，住院期间可以相对隔离，减少传播，耐多药结核病的治疗药物达到5-6种，注射期为6-8个月，总的治疗疗程长达18-24个月，住院期间可以由专家团队制定治疗方案，对后期治疗非常有益处，耐多药结核病的治疗药物较多，不良反应相对较大，住院期间有专门的管床，主治，便于观察不良反应。通过有效干预、早期处理，以免导致严重后果，有利于后期治疗。