由于艾滋病的治疗一般采用多种抗HIV药物联合治疗，各种抗病毒药物对人的副作用也各不相同。齐多夫定可引起恶心、呕吐、腹泻等胃肠道不适，可引起贫血或中性粒细胞减少的副作用。司他夫定可引起外周神经炎、胰腺炎、乳酸酸中毒或脂肪变性等副作用，为防止毒副作用叠加，与齐多夫定不能合用。