无痛胃镜的副作用比较小。极少数有低血压、心率失常等不良反应。做无痛胃镜的时候是需要拿着心电图和乙肝五项麻醉科评估的，比如有药物过敏史，特别是镇静药物过敏者；孕妇及哺乳期妇女；患有容易引起窒息的疾病，如支气管炎伴痰多者、胃潴留、急性上消化道大出血致胃内容物较多者。以上情况都不适合做无痛胃镜，不然产生的危害会更大。