较小的巧克力囊肿因囊内压力增大，囊壁会发生反复的破裂，有周期性的下腹痛，囊肿破裂后囊内的内容物刺激腹膜，使周围组织粘连、炎症反应和组织纤维化。较大的巧克力囊肿突然发生破裂时会出现较重的一侧下腹痛，疼痛随后蔓延至整个盆腔或上腹部，并伴有恶心呕吐症状，往往需急诊手术治疗，术中可见巧克力样囊液遍布于盆腔脏器表面，周围组织粘连充血。巧克力囊肿的破裂可使输卵管周围组织粘连包裹，容易造成不孕。