小儿消化不良目前认为是多因素综合作业的结果，如胃肠运动功能障碍，内脏高敏感性，胃酸分泌异常，幽门螺旋杆菌感染，精神心理因素等。功能性消化不良的发病机制尚不清楚，黏膜免疫和炎症功能改变以及中枢神经脑肠轴及长神经调节功能改变。功能性消化不良的常见症状有上腹痛、腹胀、胃气胀、早饱、嗳气、恶心、呕吐、上腹灼热感等，这些症状持续存在或反复发作，但缺乏特征性并且极少全部同时出现，多只出现一种或数种。