消化道内镜科是通过内镜来检查消化系统的辅助科室。内镜检查分为上消化道内镜检查及下消化道内镜检查，其中上消化道内镜检查包括食管、胃、十二指肠的检查，是应用最早、进展最快的内镜检查，通常也称为胃镜检查。下消化道内镜检查包括乙状结肠镜、结肠镜和小肠镜检查，以结肠镜应用较多，可达回盲部甚至末端回肠，以了解小肠和全结肠病变。