男性腹部两侧隐隐作痛的原因可能是由于肠道方面的疾病引起，包括有肠炎、肠痉挛、肠胀气，甚至有肠梗阻情况存在。肠炎除了有腹痛，还有腹泻、呕吐、发烧等症状。肠痉挛是突发性绞痛，而且检查有肠鸣音亢进等情况。肠梗阻要通过X线排片来确诊，会出现腹痛剧烈，但没有腹泻、没有粪便，不排气现象存在。另外，腹部两侧疼痛也有可能是腹直肌的拉伤，有没有过度运动的损伤病史。