大多数患者在前列腺穿刺不会出现明显的不适。前列腺穿刺穿所用的针非常细，对前列腺的损伤非常小。穿刺主要经过直肠，直肠黏膜对痛觉不敏感，被检查者只会出现肛门不适。在到达前列腺时会感到疼痛，但是一般穿刺速度都很快，痛值在能够耐受的范围内。做穿刺前都会进行麻醉，还会对直肠进行浸润性麻醉，因此造成的不适感非常小。