胃糜烂和胃溃疡最主要的鉴别在于病变侵袭的深度溃疡的黏膜缺损超过了粘膜肌层，深者可以到达肌层甚至浆膜层，而糜烂仅限于粘膜层。而且在显微镜下观察，胃溃疡底部自表层至深层可以分为四层，分别为渗出层，坏死层，肉芽组织层和瘢痕层。溃疡边缘可见粘膜肌和肌层的黏连，常伴有慢性炎症活动。而胃糜烂仅是指胃粘膜表面的糜烂，主要表现为急慢性炎症的改变。