新生儿尿道下裂的原因是因前尿道发育不全所导致的，一般因基因突变等等，如果在胚胎期由于各种原因导致的尿生子沟融合不全形成尿道下裂，外生殖器的异常有可能继发与母亲孕期激素的摄入。尿道下裂的形成主要受雄激素的影响，如果睾酮产生不足或者出现异常就可造成尿生殖沟融合不全而形成尿道下裂。