手足口病的疫苗同其它的疫苗一样接种EV一A71灭活疫苗，不一定产生百分之百的保护效果，这是和个体的免疫反应有关。EV一A71灭活疫苗，可刺激机体产生针对EV一A71病毒的免疫力，用于预防EV一A71感染所致的手足口病，但不能预防其他的肠道病毒，包括CV一A16，感染所致的手足口病。接种EV一A71灭活疫苗与注射人免疫球蛋白，应至少间隔1个月，以免影响免疫效果。