在发病的早期会出现低热、乏力、喷嚏、咳嗽、流涕等类似于感冒的症状。因为手足口病毒是一个胃肠道病毒，所以，也可以出现食欲减退、恶心、呕吐、腹痛等胃肠道的症状。这个时期会发现小孩的咽部是发红的，口腔黏膜的皮疹也会出现的比较早。重症的病例，病情进展比较迅速，在发病的早期就可以出现脑膜炎、脑炎、脑脊髓炎等，表现为头痛、呕吐、精神差、肢体抖动、高热不退等。