怀孕三个月阴道有褐色分泌物，说明有少量阴道流血，要去做超声检查，看一下孕囊周围是否有液性暗区，观察是否有继续出血的倾像，化验人绒毛膜促性腺激素水平以及孕酮水平，需要警惕先兆流产的问题。注意是否同时伴有腹痛，要减少活动量，必要时需要卧床休息，注射黄体酮，保胎治疗，动态观察胚胎的发育情况。