艾滋病侵犯人体的免疫系统，造成机体免疫系统的崩溃，进而引发各种机会性感染和恶性肿瘤。艾滋病晚期会被各种罕见的疾病所困扰，包括身体的各个器官，如呼吸系统的真菌性肺炎、中枢神经系统的淋巴瘤、消化系统的念珠菌食道炎、口腔的鹅口疮、皮肤的传染性软疣、眼部的弓形虫性视网膜炎等。尽管存在多种机会性感染，但由于存在免疫缺陷，所以组织中炎症反应少，而病源繁殖多，反复发作造成各种器官衰竭，极度消瘦，最后导致死亡。