囊肿增大，肾脏体积增大，并出现形态异常，如肾盂肾盏的异形，肾乳头及肾锥体的完整结构受到破坏等。囊肿呈球形，大小不一。随病程进展而渐增多，多囊肾后期症状是最终令肾均由囊肿所占，在光镜下，囊肿间尚可见到完整肾结构，多囊肾后期症状从正常表现到肾小球硬化，小管萎缩、间质纤维化等不等，改变均为囊肿压迫所致肾缺血所为。