小儿隐性脊柱裂可能与先天性的因素有关，影响椎管闭合不全或椎板与棘突发育缺如。从发育胚胎学上讲，在胚胎的早期，脊髓在椎管内大致与椎管是等常的，以后椎管的增长较快，而脊髓的增长较慢。当椎管闭合不全合并脊髓发育畸形时，局部瘢痕粘连，造成脊髓固定于病变部位，同时脊柱裂部位有软骨瘢痕及粘连逐渐增多，韧带增厚，肌肉嵌入，又进一步形成继发性的椎管狭窄，引起相应的症状。