一旦脓肿形成，需要进行手术治疗。最常见的手术方式就是切开引流手术，在穿刺抽到脓液后切开皮肤至脓腔内，彻底引流脓液，填塞凡士林纱布压迫，之后定期进行换药。有医生在手术当中，为了避免继发性的肛瘘形成，减少病人的二次手术痛苦，还会进一步寻找内口，一并进行处理，比如进行挂线手术，这样可以取得更完美的治疗效果。