做肠镜一般不会有什么后遗症。只是肠镜属于有创检查，在做的过程中可能会轻微划伤肠黏膜，从而出现小腹部隐痛的症状，但经过一段时间以后可以自行消除，或者用药后可消除，所以如果出现了这些症状不用不太过于担心。肠镜是诊断大肠黏膜病变的最佳诊断方法，因此如果出现大便异常或者长时间反复腹痛等症状，还是有必要做一个肠镜检查的。