胃肠道菌群失调有已下症状，第一，腹痛或腹部不适，部位不定，以下腹和左下腹多见，排便或排气后缓解，极少有睡眠中痛醒者。第二，腹泻，腹泻时常排便较急，粪便有时呈糊状或稀水样，可带有黏液，但无脓血。部分患者腹泻与便秘交替发生。第三，便秘，常有排便困难，粪便干结，量少，呈羊粪状或细杆状，表面可附黏液，常伴腹胀，排便不尽感。部分患者同时可有消化不良症状和失眠，焦虑，抑郁，头昏头痛等精神症状。