头孢羟氨苄胶囊毒性比较低，副作用少而轻，半数致死量测不出来，反应较短暂。服药后偶见胃肠道反应，可出现恶心、呕吐、腹泻、食欲不振、胃部不适等症状，或见药疹、皮炎，总发生率约为5%，以胃肠道反应为主，总反应发生率为4%，偶可见过敏反应对其他头孢菌素过敏的患者，禁用此药。目前并未发现肝肾伤害。