染色体的异常可影响胚胎的发育，导致流产。虽有少数染色体异常胎儿能够足月分娩，但常常存在智力障碍。研究发现男性无精，精子异常及配偶孕早期胚胎停育或有连续流产史的患者中大Y染色体核型发生率增高显著，孕酮分泌不足，可引起妊娠蜕膜反应不良，可影响孕卵着床和发育导致流产，排卵后，雌激素分泌不足可能使孕激素不能充分作用于子宫内膜，加重内膜发育不良，致使胚胎着床后发育受到障碍而停育。