任何手术都有风险及并发症，近视激光手术也不例外，尽管术前会严格按照手术指征进行筛查，但术后也有很多患者会有短期或者长期的不适。常见的并发症有干眼症，屈光回退，眩光，术后感染以及圆锥角膜等等。干眼症很普遍，这与术后用眼较多有关；某些患者出现屈光回退，这与个体差异有关；眩光会随着时间推移，慢慢恢复；严格控制手术适应症和手术操作流程，极少出现感染和圆锥角膜。