如果去正规医院检查肠镜，是不会感染艾滋病的。正规医院在检查肠镜之前需要对检查者做身体检查，包括艾滋病的检查，但不排除有些艾滋病感染可能处于窗口期，所以做完肠镜检查之后，会对肠镜进行彻底消毒，包括对于艾滋病病毒的一个针对性消灭，防止肠镜有窗口期感染的艾滋病病毒存在，所以在正规医院检查肠镜时是不会感染艾滋病的，但如果去一些非正规医院检查肠镜，消毒环节，以及检查环节，可能不够严谨，就有可能感染艾滋病。