原发性癫痫的遗传率一般遗传率在3%到5%之间。虽然大脑没有明显的器质性病变和代谢性疾病表现，但有一定程度的遗传性。在癫痫遗传学和分子生物学中发现了许多与癫痫相关的基因，并对突变基因诱发癫痫的机制进行了一定的探讨。在原发性病人亲属中，血缘关系越密切，发病率越高，反之亦然。