毛囊炎的治疗要因病施治，因为毛囊炎的原因，包括细菌、真菌以及刺激，还有原因不明等。对于细菌性的毛囊炎，主要以抗生素软膏为主，对于真菌性的毛囊炎，以抗真菌药物为主，比如酮康唑乳膏等等。对于刺激性的，以消除刺激因素为主，如果由搓澡、剃须不当等引起的，应去除刺激因素。对于一些原因不明的，比如嗜酸性毛囊炎等，可以外用糖皮质激素药膏。