甲状腺本身各种原因所引起的甲状腺功能减退，称之为原发性甲减。像桥本甲状腺炎，手术，外伤等，这些原因所导致的甲状腺功能减退，治疗主要是通过长期口服甲状腺激素制剂来保持甲功稳定。还有一小部分甲状腺功能减退，是由于垂体等上位器官疾病所引起的，也是需要通过口服甲状腺激素制剂治疗，但可能还需要同时治疗原发病。还有一少部分是由于亚急性甲状腺炎所导致的一过性的甲状腺功能减退，是以对症治疗为主，等待甲功逐渐恢复。