肝脓肿是由于细菌或是阿米巴原虫感染所造成的，常见的还是细菌性的肝脓肿，主要是由于胆管结石并发细菌感染时上行所造成的，另外其他部位的化脓性病变，比如说痈，中耳炎发生菌血症时，可以通过肝动脉侵入肝脏。坏疽性阑尾炎，细菌性痢疾也可以通过门静脉进入肝脏。邻近感染的病灶，如胆囊炎可以通过淋巴系统侵入干燥，形成肝脓肿，而开放性的肝损伤，也可以造成肝脓肿的形成。