对于肠道菌群失调，调整肠道内菌群的环境，可以服用益生菌类的药物进行调理。发酵性腹泻应限制碳水化合物，腐败性腹泻应限制蛋白质摄入量。增强肠粘膜的局部防御屏障功能，防止细菌移位，增加纤维食物。立即停用原有的抗生素。根据菌群分析和抗生素敏感性试验，选择合适的抗生素，抑制细菌过度生长。微生物促进剂，口腔菌群促进剂，也可达到支持正常菌群的目的。