行肠镜检查是会有疼痛感觉的。与胃镜检查相比，由于结肠肝曲、脾曲等会有生理性的弯曲，因此肠镜检查更加复杂，难度更大，患者的不适反应也就更明显。而且在行肠镜检查的过程中，还需要不断注气，也会加重患者的疼痛、腹胀等症状。目前认为肠镜检查的疼痛程度主要和患者的耐受性，内镜医师的操作水平以及是否需要进行肠镜下治疗来决定。对于耐受性较差的患者，也可以考虑行无痛肠镜。