微波消融术的副作用包括轻度的疼痛、消融后综合征及无症状性胸腔积液等。消融后综合征常常表现为低热和全身不适，其持续时间与微波消融引起组织坏死的体积以及患者的全身状况有关，一般持续3天左右。这些副作用往往是自限性的，通常无须治疗。严重的并发症包括胆管狭窄、出血、肝脓肿、皮肤烫伤、肿瘤种植等，但是发生率较低。