幽门水肿最常见的原因是胃窦炎，因此临床上主要选用质子泵抑制剂、H2受体阻断剂、抑酸剂或胃黏膜保护剂。可以单独应用，也可以联合应用。如果明确存在幽门螺旋杆菌感染，还应当采取三联或四联疗法。如果幽门水肿引起了幽门梗阻，这时应当禁食，持续胃肠减压，在应用药物治疗的同时还应当考虑进行盐水洗胃，减轻水肿症状。必要时还应当进一步行胃镜检查甚至组织活检，如果是胃癌引起的，还应当考虑进行手术治疗。