吃益生菌拉肚子考虑两个原因，如果患者体内存在很多有害菌，有益菌进入人体后，两者互相竞争，会引起腹泻，一般过几天，待菌群稳定后腹泻症状会消失。还有一种情况，医学上称为赫氏消亡反应，刚开始服用益生菌，体内菌群较少，机体短期内无法适应大量的益生菌，产生腹泻，一般2周内会消失，不需额外治疗。