纯母乳三个月宝宝腹泻需要寻找原因，应该先到医院进行大便常规的检查，如果大便当中有炎症需要考虑肠炎，反复的出现肠炎需要考虑乳糖不耐受或者是肠道过敏的可能，还需要进行乳糖耐受试验或者是过敏原的检测。大便当中没有炎症应该考虑消化功能不良引起，需要减少每次喂奶的奶量增加喂奶次数，按摩腹部改善胃肠功能，可以口服肠道微生态制剂改善肠道微生态环境。