打孕酮针常见的副作用是注射部位肌肉疼痛，注射部位皮下有硬结，还有些伴有红肿，这和黄体酮本身的性质有关，因为黄体酮本身属于天然孕酮，不溶于水，溶于油，所以肌肉注射的黄体酮的辅助佐料是油。注射的时候就比较困难，注射后吸收比较慢，容易形成硬结，此外黄体酮本身代谢之后，容易体内形成雄激素，长期大量肌肉注射黄体酮，会有弱的雄激素样表现。