首先，二者的成像原理不同。磁共振是使人体内氢原子核在强大的磁场空间内产生共振，再经过一系列的重建技术，转换成磁共振的图像；而CT是利用X射线成像原理形成图像。其次，因为CT是X射线成像，所以如果长时间的做CT会有一定的辐射，而磁共振没有电离辐射。再次，二者在疾病的检查方面各有侧重，例如磁共振对软组织、滑膜、肌肉、肌腱、韧带等有较高的分辨率，而CT则在观察骨头、肺、出血等方面更具优势。