有可能留下后遗症的，比如说因为操作不当、器材未完全杀菌造成的孕妇感染、胎儿发育不良，甚至是流产和胎死腹中。这对孕妇的心理打击和身体伤害都是很大的，所以说羊水穿刺可以做，但一定要到正规的医院进行。孕妇宫缩很严重的话，有可能导致针刺时无法正确的取到羊水而扎到胎儿。如果说穿刺前阴道分泌物异常，甚至是有流血情况会加重风险。此外，双胎妊娠、子宫肌瘤、孕周不足也会对穿刺的难度造成影响，增大穿刺所引发的风险。