内在因素：部分患者先天性钙代谢异常，比如草酸代谢、枸橼酸代谢异常；遗传性疾病使胱氨酸排泄障碍，对尿酸的代谢可有异常；特殊疾病如痛风，尿酸代谢异常，可产生尿酸结石；水的摄入不足可导致代谢异常，溶质无法通过尿液排出体外；外在因素：解剖结构异常，如有梗阻、感染的情况，可导致结石；医源或其他因素引入异物，在泌尿系统中形成成石的因子；药物引起结石等。