以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。口腔小粘液腺囊肿是由于粘液排泄管破裂，粘液外渗入组织间隙所致，或者是由微小肿瘤等造成粘膜腺体排泄管部分堵塞，分泌物储留于腺体内而形成。