肝囊肿的诊断要借助影像学检查，查体时做B超，如果B超上能发现圆形或者类圆形的、边界非常清楚、回声较低的，这就可确诊为肝囊肿。某些肝脏的囊性病灶还会出现包括囊腺瘤或者不太典型的血管瘤，这种肝囊肿就需要进行鉴别诊断。对于鉴别诊断，选择的检查方法包括CT、核磁，还可通过注射增强造影剂来进一步区分肝囊肿和其它肝脏占位性病灶。