先天性缺牙的原因有可能是遗传性的因素所导致和环境因素都有关系的，胚胎期牙板发育受到物理障碍或者牙板断裂。空间受限，产生压力，使牙胚得不到最低限度的营养而退化，特别是第三磨牙。造成上皮组织功能缺陷或其下方的间充质诱导失败。