两只耳朵大小不一样，这是一个先天性发育问题，属于一种畸形，可能是怀孕期间服用了药物，或者是接受了放射性物质导致的。如果大小区别不是很明显的情况下，也可以不用处理，顺其自然就行了。如果大小区别很明显，可以到耳鼻喉科门诊就诊，看可能通过手术矫正，而且还要检查是否有外耳道闭锁和听力下降的表现。