慢性肠炎病程一般在两个月以上，针对不同的病因以及病变的程度，治疗时间不同，一般为数天至数周时间，也有迁延数年时间的，主要与治疗的规律性及饮食习惯有关系。病毒性肠炎一般不需病原治疗，可自愈。细菌性肠炎，最好根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。慢性肠炎经过及时适当的治疗后便可痊愈。